Existe cierta controversia sobre la etimología del nombre. Algunas fuentes afirman que la banda lleva el nombre de La Mara, una calle de San Salvador, y la guerrilla Salvatrucha que luchó en la Guerra Civil de El Salvador.⁸ No obstante es posible desmentir dicha fuente pues no existe una calle con ese nombre en San Salvador ni la guerrilla fue jamás referida como "Salvatrucha" sino como Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional. También puede provenir de «marabunta», una especie de hormigas voraces que se alimentan de todo lo que encuentran a su paso, pero todo parece indicar que esta es una acepción tardía dentro de este significado, pues esta especie de hormigas es originaria de Brasil y no es común en El Salvador. "Salvatrucha" puede ser una combinación de las palabras "Salvadoreño" y "trucha", una palabra de caló popular que significa "estar alertas", aunque es de poco uso en el habla popular salvadoreña.

Lo más probable, sin embargo, es que el nombre se origine en el neologismo "Mara", utilizado popularmente como sinónimo de "grupo de amigos" teniendo un uso extendido y sin ninguna vinculación criminal en los años 70 y 80, el cual se fue deformando en su significado hacia el de "Pandilla". "Salvatrucha" podría deberse a que se utilizó durante algún tiempo el término "Salvatrucho" como un gentilicio despectivo deformado de "Salvadoreño" y siendo que la pandilla se autocalificaría como parias de su mismo país podrían haberlo asumido como tal. Tomando en cuenta exclusivamente el caló popular de El Salvador, explicado anteriormente, el nombre de la pandilla vendría a significar de manera simple: mara salvatrucha = pandilla salvadoreña.

Lo cual sería coherente con el origen de pandilla étnica en el sur de Los Angeles, no obstante que con el paso del tiempo la misma se ha compuesto por centroamericanos (en especial guatemaltecos y hondureños) y no solo por salvadoreños.